„Lustenouua“ wurde im Jahr 887 erstmals auf Urkunden erwähnt, die Kaiser Karl III. während eines zweimonatigen Aufenthaltes hier ausstellte. Damals hatte es den Status eines karolingischen Königshofes. Lustenau erlebte eine wechselvolle Geschichte, bis es im Jahre 1395, als freier Reichshof, im Pfandwege und später, 1526, durch Kauf an die Reichsritter von Ems, die späteren Reichsgrafen von Hohenems, gelangte.

1593 kam es zur Teilung des Hofes in das linksrheinische Widnau-Haslach und das rechtsrheinische Lustenau. Nach einer kurzen bayerischen Herrschaft, während der napoleonischen Zeit (1806-1814), kam Lustenau nach dem Wiener Kongress, als letzter Teil Vorarlbergs, endgültig zu Österreich.

Erst im 19. Jahrhundert erhielt Lustenau durch die Adaption des gleich neben der Kirche St. Peter und Paul gelegenen alten Schulhauses sein erstes „richtiges“ Rathaus. Zuvor wurde jeweils das Wohnhaus des gerade amtierenden Hofamanns als Rathaus genutzt. Auch die Bestände des Archivs der Gemeinde übersiedelten bei jedem Wechsel an der Spitze der Gemeindeführung in das Wohnhaus des neuen Hofamanns.

Für die Planung des neuen Lustenauer Rathauses zeichnen die Architekten Adelheid Gnaiger, Paul Götsch und Walter Griss verantwortlich. Das im Jahr 1958 feierlich eröffnete Gebäude steht aufgrund seiner außergewöhnlichen architektonischen Qualitäten seit 2012 unter Denkmalschutz. In den Jahren 1993 bis 1996 erfuhr es eine von der Architekturgemeinschaft Erich Steinmayr und Richard Dünser geplante Erweiterung gegen Süden, in der sich das Bauamt befindet.